按照苹果的希望，iPod用户都要使用iTunes来管理它们的曲库。但iTunes体积庞大，对于一些低配置PC使用起来确实有难度。并且只支持Windows和Mac OS系统，Linux用户完全无法使用。因此，第三方的iPod管理软件应运而生，除了YamiPod等专用第三方管理软件外，WinAMP、Foobar等音乐播放软件也通过插件功能支持管理iPod曲库。

但习惯使用这些软件的用户可能要失望了，在苹果最新推出的这一代iPod中，加入了新的机制来防止其他软件读写iPod曲库。在新款iPod的iTunesDB数据库文件中，加入了SHA1加密算法，保证只有iTunes能够读写该数据库。如果用户试图将该文件移至其他iPod或修改该文件，iPod将会报告存储曲目为0。

苹果加入这项限制的主要原因是为了保证iTunes音乐商店在唱片零售界的地位。由于放弃DRM保护限制的大潮，目前如Rhapsody等其他网络音乐商店可以很容易的入侵iPod，直接购买歌曲并上传至iPod绝对会对iTunes在唱片界的地位构成威胁。如此一般将iPod和iTunes再次捆绑在一起，依靠iPod在市场的巨无霸地位保护iTunes的用户群体不会流失，也算乔布斯的一招妙棋。

苹果并不是第一次进行这种限制。三年前，Real公司曾经反编译了苹果的FariPlay保护技术制造出自己的Harmony技术，允许Real网站销售的音乐装入iPod播放。苹果立即进行反击，声称Real的举动违反了“数字千年版权法案（MDCA）”，并对iPod固件进行了升级，禁止Harmony音乐进入。