在6月3日16时35分的时候，广州地铁官方在微博发布了最新通知，进一步加强全市的疫情防控工作，自6月3日17:00起，广州地铁一号线芳村站、花地湾站以及地铁五号线滘口站所有出入口的防疫设施将全面升级，执行只出不进防控应对政策。

同时，广佛线仍实行鹤洞站、菊树站停止对外运营服务。还有，地铁一号线西塱站、坑口站，广佛线龙溪站、西塱站、沙涌站所有出入口也将继续执行只出不进的防控应对政策。

此外，为落实防疫工作，凡是进入地铁车站的乘客均须主动出示“粤康码”或“穗康码”，并且戴好口罩。所以，请各位乘客提前申报，显示“绿码”的乘客方可进站乘车。同时，在进入地铁站的乘客，请务必全程佩戴好口罩，并配合监测体温。

为此，大家在出门之前，一定要做好个人防护，搭乘地铁时尽量分散候乘，车厢中全程戴好口罩，尽量减少交谈。

6月3日傍晚，广州市召开新闻发布会通报疫情防控最新进展。广州市荔湾区（北片区）的西村街、南源街、桥中街、昌华街、彩虹街、逢源街、多宝街、沙面街、岭南街、华林街、龙津街、金花街、站前街，3日内要完成新一轮全员核酸检测，请区域内市民群众配合。

据悉，自5月26日启动重点区域全员核酸排查以来，截至6月2日24时，广州全市累计核酸采样781.76万份，其中682.92万份结果为阴性，已发现阳性29人。

广州市新型冠状病毒肺炎疫情防控指挥部6月3日发布通告，对荔湾区白鹤洞街、东漖街执行封闭管理。据通告，荔湾区白鹤洞街（3.1平方公里，人口74442人）、东漖街（4.4平方公里，人口63997人）调整为封闭管理区域，严格居家，足不出户，执行封闭管理。

此外，荔湾区冲口街、海龙街、石围塘街、茶滘街、东沙街、花地街调整为封控管理区域，人员只进不出，严禁聚集。通告称，相关封闭管理区域、封控管理区域实施交通管控，人员活动实行严格管理，进行多轮核酸检测。

6月3日，广州新冠肺炎定点收治医院、广州医科大学附属市八医院（广州市第八人民医院）院长雷春亮接受媒体采访说，与广州此前疫情相比，本次疫情的变异株呈现毒力更强的特点，针对变异株毒力强的情况，要引起高度关注。