虽然3DS主打立体特性，但是由于3D给用户带来的负面影响同样饱受诟病。英国皇家眼科医学院副院长Larry Benjamin就指出，3DS对用户健康和视觉都存在负面影响。

Larry Benjamin在试玩3DS后表示：“如果你的视角偏离5度，3D立体特效就会消失，而且容易引起眼睛疲劳。为了看到3D效果你就得不断进行视角调整，这让我感到反胃（想呕吐）。我认为有必要提醒用户它可能会使你眼睛疲劳、产生复视觉或者难以集中注意力。”

他总结道，为了呈现更利于健康的立体特效，任天堂之前应该进对此进行多次测试。

在Larry Benjamin之前也有用户产生过类似抱怨、健康专家也发出过提醒，任天堂也承认用户可能会产生不适体验，但不会影响健康。