在2006年超级计算机大会SC06开幕前一天，TOP500.org提前公布了第28次超级计算机五百强名单，其中前十位的排行发生了重大变化，因为TOP10中的新秀有7款之多，而且两款新的AMD Opteron系统占据了第二和第九。
超级计算机TOP500的计算性能依然在飞速提升，这次第10名的平均计算能力为54.20TFlpos，第500名也有2.734TFlops，比上次的2.03TFlops增加34.7％之多，而第100名的6.65TFlops如果放在2003年甚至可以跻身TOP10。
整体而言，TOP500的总计算能力比上次提升56％，其中前十名受影响较大。排名第一的仍是美国能源部劳伦斯利物莫国家实验室(LLNL)的“蓝色基因/L”系统(BlueGene/L)，峰值计算能力367.0TFlops，平均280.6TFlops；新科亚军是美国Sandia国家实验室的“红色风暴”(Red Storm)，由超级计算机制造商Cray采用13277颗2.4GHz双核心Opteron处理器打造而成，峰值计算能力127.4TFlops，虽然只有蓝色基因的34.7％，但却是史上第二台超越100TFlops的超级计算机；IBM的一套新蓝色基因系统“BGW”夺得季军，峰值计算能力也超过了100TFlops大关，达到114.7TFlops。
IBM的Cell系统不但拿下了冠军和季军，还占据了TOP10中的另外两个位置，在TOP500中也有93套。
排名第六的是戴尔“Thunderbird”(雷鸟)系统，基于Intel Xeon 3.6GHz处理器，这也是Intel平台的最高排名。TOP500中的Intel平台从上次的301台减少到263台，其中Itanium系统从37台减少到35台，不过基于最新Woodcrest Xeon 5100的系统已经开始上榜。
凭借近年来在服务器领域内的优异表现和杰出的计算性能，AMD的Opteron处理器已经在TOP500中占据了113个席位，上次只有81个。另外，PA-RISC平台20套、Alpha平台3套、富士通研发的Sparc平台3套，Sun的10套系统则全部采用了x86处理器。
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超级计算机TOP10
“蓝色基因/L”超级计算机系统
BlueGene/L - eServer Blue Gene Solution (IBM/131072 Power cores)
Red Storm - Sandia/ Cray Red Storm, Opteron 2.4 GHz dual core (Cray/26544 AMD Opteron cores)
BGW - eServer Blue Gene Solution (IBM, 40960 Power cores)
ASC Purple - eServer pSeries p5 575 1.9 GHz (IBM, 12280 Power cores)
MareNostrum - BladeCenter JS21 Cluster, PPC 970, 2.3 GHz, Myrinet (IBM 10240 Power cores)
Thunderbird - PowerEdge 1850, 3.6 GHz, Infiniband (Dell/9024 Intel Xeon cores)
Tera-10 - NovaScale 5160, Itanium2 1.6 GHz, Quadrics (Bull/9968 Intel Itanium 2 cores)
Columbia - SGI Altix 1.5 GHz, Voltaire Infiniband (SGI/10160 Intel Itanium 2 cores)
TSUBAME Grid Cluster - Sun Fire x4600 Cluster, Opteron 2.4/2.6 GHz and ClearSpeed Accelerator, Infiniband (Sun/11088 AMD Opteron cores)
Jaguar - Cray XT3, 2.6 GHz dual Core (Cray/10424 AMD Opteron cores)
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