微星X79A-GD65主板集成了微星P67系列主板的UEFI BIOS，并改名为Click BIOSⅡ，具备全部UEFI BIOS的特点，支持鼠标操作，相较于传统BIOS来说在人机互动方面做出了极大的改善。

主板BIOS设置选项中提供了外频、倍频、内存、电压等调节选项，并且还可以根据自己的实际请款选择是否开启Intel超线程技术。

在主板专用的超频选项卡中超频更加方便，可以直接关闭CPU节能选项，并调节CPU的倍频以及外频。

此外微星X79A-GD65主板还提供了配套的超频软件Control Center，用户可以在Windows下进行超频，完全不必进入BIOS。从选项方面来看，微星Control Center软件不仅可以查看主板BIOS、处理器以及内存信息，而且还可以直接涉及处理器的外频、倍频以及电压，尤其是电压选项十分广泛，是高端发烧友的强大助力。

至尊版的i7-3960X不仅不锁倍频，外频也提供了100/125/166MHz三挡共玩家选择，实际超频部分，我们直接将外频设置为125MHz。倍频36，主频提升至了4.5GHz。此时wPrime 32M成绩4.226秒，相比默认状态下的5.4秒缩短了一秒多钟。

国际象棋成绩也有了较大幅度的提升，从默认状态下的每秒19247千步提升至每秒23677千步，性能提升23%。