该作目前只确认有两种合作模式：任务合作（即MW2中的Spec Ops）；以及多少借鉴了CoD5/7僵尸模式的合作生存模式。

这两种模式被集成进MW3的Spec Ops章节——《现代战争3》的Spec Ops不仅新增合作生存模式，且该模式用的是多人地图（MW2的Spec Ops基于单机地图），更有晋级制度和玩家匹配/撮合系统，以及玩家得分全球排行榜。

Infinity Ward的水军头目Robert Bowling在接受《今日美国》的采访时称，公司知道玩家很喜欢（前作的）Spec Ops部分，故投其所好，为联机游戏注入最富基情的部分。

比如在一幅名为Dome的地图中，玩家要据守沙漠中央的雷达站以应付敌人的波次进攻。玩家可使用游戏中所获点数来购买并部署枪塔来扼守要点，对手则五花八门什么都有，其中包括军犬和神风式肉弹。

"抵御神风队员的策略与一般性防守显然不同，对付军犬与应付常人乃至重甲人（Juggernauts）又不一样"——对，本作的合作模式中又会出现令人肾上腺素飙升的重甲人，而且会有不同种类的重甲人。

合作生存模式拥有无限波次的敌人，对于新手来说，守到第八波就已算是了不起的成就了。

游戏设计者深知有些重度打枪饭只愿意与有默契的基友联机，"那些大呼小叫的小屁孩毁掉多人游戏的故事我们听得太多了"，该作协作单位Sledgehammer Games的Michael Condrey称。Spec Ops能为这些成熟型玩家提供一个更安逸更私密的游戏环境，它被升格为《现代战争3》的第三种游戏模式，成为构成游戏的三基石之一（单机、多人对抗、Spec Ops）。